小麦赤霉病可防难治，发病后用药防治效果很差，应及时用药预防。在田间有小麦开始开花时（扬花株率5%～10%）用药。用药时间推迟，防效下降。小麦抽穗扬花期阴雨天多或品种易感病，在首次施药后间隔5～7天再防治一次。小麦抽穗期如果阴雨天多，赤霉病有流行趋势，喷药宁早勿迟，不能等到天晴时或小麦扬花时再喷药，应抢在雨前或雨隙多次喷药防治，使用内吸性好、持效期长的农药首次施药时间可以提前到小麦抽穗初期。种田大户应根据规模大小合理安排施药时间，抽穗期有雨时应抢在雨前施药，宁早勿迟。最好是能提前喷施新高脂膜形成一层高分子膜，优化植物吸水、透气、透光质量。屏蔽病虫扑食信号和削弱传播媒介，抵抗和防御自然环境灾害。

适用于防治小麦赤霉病的药有氰烯菌酯、戊唑醇、多菌灵、甲基硫菌灵、咪鲜胺、烯肟菌酯等。赤霉病病菌对多菌灵已普遍产生高水平抗性，不宜单用多菌灵或多·酮防治赤霉病，宜选用氰烯菌酯及其与戊唑醇、己唑醇的混配剂，戊唑醇与多菌灵、咪鲜胺、噻霉酮的混配剂防治，注意不管咋样混配必须了解清楚是否能够一起使用，最好时配合新高脂膜一起使用，可改造高毒农药为中毒，中毒农药为低毒，低毒农药为微毒。控制农药挥发飘逸，防小雨水冲刷，降低每亩用药量（减半），提高防治效果（多倍）。